dystopic's blog

Visualization tools: Glue and parallel coordinates

While i am not really an visualization specialist in any regard, i am still often dealing with the visualization of relatively complex multidimensional datasets. Among the usual and well known tools, matplotlib in combination with iPython, Gnu R and jupyter as interactive worksheet, i have found two very interesting projects: Glue and Parallel coordinates.

Glue is a system which allows the interactive exploration and investigation of complex and fragmented datasets, which is nicely demonstrated in a video:

My Dissertation is published

My Dissertation with the Title "Simulation of Ion Dynamics in Atmospheric Pressure Ionization Sources" is published by the university library as electronic document (PDF).

You can find additional details about the published document on the publication page of the university library.

Drupalgeddon

As nearly the entire Drupal community which is using Drupal 7, i was also affected by the severe Drupal security bug. I have lost my website edits of the last weeks, therefore some blog entries and publications are missing right now.

The rollback of the installation here (and an entire server i do administrate elsewhere) was very annoying, but on the positive side i have to admit that i learned many new things.

Storms on 9. and 10. June 2014

Some photos of the thunderstorms in NRW on 9. and 10. June 2014:

Pictureset on Flickr

The storm on the evening of the 9. June was severe in the area around Neuss with very strong wind gusts. Many trees was disrootet and damaged cars and houses. At least 6 people was killed.

DIA Explorer: Experimental DIA projections

I have also used the DIA explorer script to show an exemplary data set of measured DIA (distribution of ion acceptance) in a commercial AP ion source (Bruker MPIS): 

https://dia.ipams.uni-wuppertal.de/DIAExplorer4web.html?path=experimental_reduced&set=experimental_reduced

DIA Explorer: Simulated 3d DIA

I have simulated fully spatially resolved 3D DIA (distribution of ion acceptance) and i wrote a simple little javascript tool to browse the generated simulated data: 

http://dia.ipams.uni-wuppertal.de/DIAExplorer4web.html?path=simulatedRotating&set=rotating_combined_jpg

Ion trajectories in MPIS, imported with SimBlend, rendered with Blender

I have rendered some simulated ion trajectories in the MPIS. The trajectories was imported with SimBlend and was rendered with Blender

Drupal 7

I have updated the site to Drupal 7 and this caused (as always) some collateral damage on the site.

Probably i will repair the "projects" section soon, but now i am happy that the base functionality is up again.

The thing with LaTeX, Unicode, PDF, Umlaute and OS-X

It is a well known critique against (PDF)LaTeX in the german speaking region that LaTeX tend to mess up umlaute (äöü) by composing them by the base letter (aou) followed by a diacritic character. The causes for this are buried deep somewhere in the inner guts of LaTeX/TeX (at least for me as a dumb user). However, this can be avoided by using "T1" fonts. Therefore not a general problem and i kept promoting the usage of LaTeX for scientific writing (Theses, Papers etc.) as the way to go to my colleagues.

Then i was struck when i experienced that copying and pasting text with diacritics (in fact umlaute in a german title of a reference) from my thesis pdf, opened in preview on my mac, in my text editor (sublime edit) produced this:

Retrieve cleartext from binary encoded Mediawiki database tables

For me (who is not that familiar with databases and SQL) it was a little effort to find the right SQL statement to retrieve the cleartext from a binary encoded mysql table from a mediawiki (1.18.1) installation. The following little SQL statement did the trick, it gives the user names of all users in cleartext:

SELECT CONVERT `user_name` USING UTF8 FROM `user` WHERE 1;

Die Aussichten in der Wissenschaft Fuß zu fassen

Es gibt Artikel, von denen wird man hart und unvorbereitet mit einer Erkenntnis erwischt, die man eigentlich lieber nicht hätte wissen wollen. Vor einigen Tagen passierte mir genau das in der Bahn mit einem Artikel von “Astrodicticum Simplex” Florian Freistätter bei den Science Blogs: Kein Platz für junge Wissenschaftler.

Post Privacy, Datenschutz und ein Gespräch im Funkhaus

Ich habe gestern den Podcast der Funkhausgespräche bei WDR5 gehört, der Titel der Folge war “Facebook, Google, Staat & Co. - Wie viel Privatsphäre brauchen wir?”. Es diskutierten Julia Schramm, Constanze Kurz  und Michael Kretschmer

Eine der Kernfragen, und der zentrale Konflikt zwischen Constanze Kurz und Julia Schramm war die Frage nach Nutzen und Risiko von persönlichenm freigegebenen Daten. Wie zu erwarten, bezog Julia Schramm die, etwas überspitzte, Position, dass man im Grunde persönliche Daten ungefiltert freigeben könne.

ASMS 2011 - Teil 2

Erster Tag ASMS Meeting. Wetter: unangenehm warm und schwül.

ASMS 2011 - Teil 1

Wie jedes Jahr nehmen wir am Jahrestreffen der ASMS, der American Society of Mass Spectrometry, teil. Dieses Jahr findet die Konferenz in Denver, Colorado, statt und ich will dieses Jahr die Veranstaltung im Blog begleiten. 

Wir sind wohlbehalten in der (sehr schönen) Unterkunft angekommen. Allerdings habe ich Mühe selbst diese kurzen Zeilen überhaupt noch zu schreiben,  da ich inzwischen 25 Stunden wach bin, die Nacht vorher auch schon nicht gut geschlafen und insgesamt 13 Stunden Flug hinter mir habe. 

In den nächsten Tagen werde ich dann direkt von der Konferenz selbst schreiben, sofern das WLAN das dieses Jahr mitmacht. Ich hoffe auf interessante, spannende und lehrreiche Tage in Denver. 

Wie man eine Professur bekommt

Ich habe in den (englischsprachigen) Discover Blogs einen interessanten Artikel von Sean Carrol gefunden, in dem thematisiert wird, wie man seine Chancen eine Professur zu bekommen verbessern kann. 

Im Wesentlichen lässt sich das auf “tue nichts öffentlich sichtbares was nicht Forschung ist” herunterbrechen. Natürlich ist das seine persönliche Meinung, die auch nur die Situation in den USA widerspiegelt, aber wenn das auch nur teilweise zuträfe fände ich das ziemlich frustrierend. Um dem gerecht zu werden, müsste ich mit fast allen meinen Aktivitäten im Netz unter meinem Namen aufhören, entgegen meiner festen Überzeugung, dass öffentliche Kommunikation, auch mit der Welt außerhalb der Wissenschaft, etwas Positives und Sinnvolles ist.

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